Sam zbiór nasion nie jest kłopotliwy. Kilka czynników generuje wysoki plon oraz zmniejszoną ilość prac, jakie będziemy musieli później wykonać.
Końcem lata część kwiatów roślin jednorocznych tworzy pierwsze nasiona. Kwiatostan już zzieleniał, a następnie zaczął brązowieć. W zależności od jego typu - pęka wzdłuż szwu, rozluźnia kłosy wysypując nasiona pod wpływem silniejszego wiatru. To czas, aby je zebrać. Ważne jednak, aby przez kilka dni nie padał deszcz. Wilgotność nasion przeszkadza w zbiorze utrudniając wstępną selekcję oraz przechowywanie.
Początkujący ogrodnik często nie wie jak wygląda pojedyncze nasienie konkretnego gatunku rośliny. A ważne jest, aby po zbiorze rozłożyć je wszystkie na kartce papieru, przesuszyć i odrzucić nasiona gorszej jakości. Większości gatunków kolor nasienia będzie brązowy, ale faktura, kształt i wielkość już różne. Dlatego zbieramy nasiona tylko jednego gatunku - wyrzucimy najmniejsze, pachnące pleśnią czy zgrzybiałe oraz puste i miękkie w środku. Pozostawmy je na rozłożonej kartce papieru przez kilka dni, aby doschły, później przechowujemy w kopertach lub wilgotnym piasku.
Przechowujemy nasiona roślin jednorocznych i bylin w sposób na sucho, co oznacza iż nie będziemy przyspieszać ich kiełkowania, a jedynie dosuszymy i zostawimy aż do wiosny w niskiej temperaturze (0-5st.C) i suchym powietrzu pomieszczenia.
Część roślin wytwarza nasiona mięsiste np. typu jagoda. Nasiono bądź nasiona otoczone są warstwą miąższu, która ma przyciągnąć zwierzęta i ułatwić dzięki nim wysiew i rozprzestrzenianie się gatunku. Dodatkowo miąższ chroni nasienie przed wysychaniem co jest wskazówką ich wiele nasion będziemy przechowywać przez dołowanie. Po wydobyciu i oczyszczeniu nasion z miąższu, przenosimy je do wilgotnego piasku (możemy także zastosować mieszankę piasku i torfu w stosunku 2:1) w temperaturze od 2-8st.C oraz kontrolujemy dopływ powietrza. W ten sam sposób możemy potraktować nasiona roślin wieloletnich, które trudno kiełkują. Ten proces nazywamy stratyfikacją, czyli redukcją enzymów, inhibitorów, które hamują proces kiełkowania. Substancje te chronią nasiona przed przedwczesnym kiełkowaniem, w niesprzyjających warunkach np. zimą. Niska temperatura w określonym czasie rozkłada enzymy. Ale poszczególny gatunek rośliny, może także wymagać dodatkowych czynników, np. wilgotności. Nasiona sosny, czy powojników botanicznych wysiewamy zaraz po zbiorze do zimnych inspektów, tak jak nasiona cisa. Jednak te otoczone są czerwoną, soczystą osnówką, która zawiera substancje hamujące kiełkowanie więc ważne aby się pozbyć osnówki. Nasiona berberysów natomiast warto początkowo przesuszyć, gdyż później lepiej kiełkują.